Друга гра франшизи, приквел. Найчастіше вважається гіршою з трьох.
Цей раз проходив на складності Ветеран, із вимкненим прицілом-хрестовиною. Вперше - саме Steam версію, та на широкоформатному екрані 16:9 (24").
"S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky" починається приблизно за півроку до подій першої гри, й пояснює як Мічений опинився в Вантажівці Смерті.
Головний герой цієї частини - найманець на прізвисько Шрам. Ведучи Зоною групу учених, вони потрапляють під надпотужний Викид. Прийшовши до тями, головний герой дізнається, що він єдиний вцілілий з групи. Його знайшли і принесли на свою базу члени майже нікому невідомого угруповування Чисте Небо. Їх мета - вивчення Зони, та пошук можливості співіснування з нею. Вони з усіх сил намагаються приховувати свою діяльність, для того щоб їх не втягли в розбірки між іншими угрупуваннями, тож і основна база в них знаходиться на болотах.
Також лідер Чистого Неба - Лебєдєв, пояснює Шраму, що те що він вижив після такого потужного Викиду - не просто збіг, так само як і той факт, що його взагалі ЗНАЙШЛИ на болотах. До того ж, огляд показав, що його організм зазнав впливу на молекулярному рівні, й він став сильнішим, швидшим, витривалішим... проте кожен наступний Викид, хоч ніби як і заряджає Шрама енергією, проте й поступово вбиває його, бо організм просто не може витримати такого перевантаження.
За наявною в Чистого Неба інформацією, цей надпотужний Викид відбувся не просто так. Це реакція Зони на ЩОСЬ. Раніше Зона знаходилася в певній стабільності, придатній для аналізу та прогнозування. Так само і її гості - сталкери, угруповування міцно тримали свої території, безпечні шляхи - розвідані, місця знаходження артефактів - визначені, проходи до центру Зони заблоковані... Та після цього останнього Викиду все змінилося, Зона - повністю перекроїлася, на раніше безпечних шляхах тепер можна й не пройти від нових аномалій, зате відкрився доступ в місця куди раніше було - зась. І люди в Зоні змінилися, раптово, наче з ціпка зірвалися, почалися сутички за нові території, розпочалася велика війна між угрупуваннями.
